Na Antigüidade a sociedade Egípcia (milhares de anos antes de Cristo) utilizava a hipnose em seus templos do sono, as doenças eram tratadas após o paciente ser submetido ao transe hipnótico; existem provas arqueológicas de tal prática como vasos de cerâmica onde aparecem figuras de médicos fazendo intervenções cirúrgicas de (para a época) grande porte, o que sabemos ser muito difícil, pois a anestesia não era conhecida. Tais médicos eram representados emitindo sinais mágicos ou raios dos olhos como forma de estereotipar a ação do hipnotizador. Tal procedimento (hipnose médica) tem outra designação, “sofrologia” oriunda da deusa grega Sofrosine. Ao pé da letra: Sos (tranqüilo), phren (mente) e logia (ciência), ciência da mente tranquila.
Da mesma forma, na antiga Grécia, os enfermos eram postos a dormir em templos e despertavam curados. Os gregos iam aos tempos de Sofrosine e após entrarem em transe ouviam os sermões dos sacerdotes desta deusa que diziam ter poderes curativos, após o procedimento os enfermos retornavam às suas atividades gozando de plena saúde e alegria.
Também na Índia, Caldéia, China, Roma, Pérsia a hipnose era utilizada para conseguir fenômenos psíquicos (provavelmente hipermnésia e anestesia) que na época eram considerados místicos, esotéricos, paranormais ou sobrenaturais. Muitos documentos da antigüidade provam o uso da técnica por sacerdotes, médicos, xamãs entre outras pessoas importantes dentro de tais sociedades. É importante deixar claro que, em boa parte dessas sociedades (sempre muito ligadas a sua religião), a medicina era muito influenciada por fatores espirituais e quase sempre praticada por sacerdotes; a “arte de curar” era muito distante do aspecto técnico-científico encontrado hoje em dia. De uma maneira geral, se a pessoa fosse curada o mérito era totalmente dado ao sacerdote, caso não fosse, era por sua falta de fé.
Na Idade Média pessoas foram condenadas (e mesmo mortas) por fazerem uso da hipnose. Restritiva, a Santa Inquisição identificava os dominadores da técnica como bruxos ou satanistas, e como tais eram perseguidos. Tal fato é um tanto insólito, visto que era comum o uso do “Toque Real” - processo em que se acreditava que a pessoa ficaria curada com o toque das mãos de seu soberano (“Le Roy te teuche. Dieu te guerys” - o Rei te toca. Deus te cura). Hoje sabemos que isso nada mais é que uma técnica hipnótica.
Ainda hoje a hipnose (assim como a Psicologia, Psiquiatria, Psicanálise, Psicoterapias diversas, etc.) recebe muitas críticas por certos segmentos de algumas religiões e seus seguidores são proibidos de fazer uso desta técnica; algumas dessas religiões utilizam muitas técnicas hipnóticas inseridas na liturgia, oratória, música, repetição, tom de voz etc, sem que seus seguidores sequer saibam (e possam se defender), mas, no entanto, propagam injúrias contra aqueles que a utilizam (com o consentimento de seu cliente) de modo terapêutico.
Certamente uma boa parte da história contribuiu para o fortalecimento de uma falsa “identidade mística” da hipnose, apenas no século XVIII é que a hipnose passa a perder esta tal identidade e, hoje sabemos, que o estado de transe hipnótico é, tão somente, um estado diferente de funcionamento cerebral que pode, até mesmo, ser deflagrado em diversas situações corriqueiras, independente do objetivo ser hipnotizar alguém ou não. Mesmo tendo sido utilizada (e até hoje ainda é) em cerimônias religiosas, esotéricas ou místicas, é inegável seu aspecto técnico-científico.
Na antiguidade, temos autores cujas raízes podemos encontrar modalidades terapêuticas com similaridades fenomenológicas com a hipnose, dentre os grandes homens, sábios, filósofos e líderes religiosos, que se dedicaram ao hipnotismo, figura como Avicena (séc. X), Paracelso (XVI) e muitos outros. Franciscus Antonius Mesmer (1700) defendia a ideia de que os astros e estrelas exerciam alguma influência no aparecimento e na cura das doenças. Esses corpos celestes emitiam um misterioso "Fluido" que ele denominou como magnetismo animal, todo esse processo era chamado de "Mesmerismo".
Por volta de 1841, o Dr. James Braid marcou o fim do magnetismo animal com a teoria que diz ser o cansaço visual que leva a pessoa ao transe e não o magnetismo defendido por Mesmer.
Braid procurou demonstrar o fato de o transe se assemelhar a um estado de sono que poderia ser induzido por agente físico, surgindo, assim, a palavra hipnotismo, derivada do vocabulário grego hypnos, que significa sono.
Essa nova interpretação "científica" começou a ganhar popularidade e foi difundida, permitindo a uma nova geração de médicos a oportunidade de reavaliar a utilidade dessa prática terapêutica.
À medida que novos modelos de terapias foram surgindo durante as primeiras décadas do século XX, o interesse científico pela Hipnose decresceu consideravelmente. O próprio Freud, depois de estudar com Charcot e defender as virtudes dessa prática terapêutica, cria a psicanálise. Com o advento do clorofórmio como anestésico, a hipnose passou a ser utilizada em cirurgias somente quando esse elemento não estava indicado.
Pela facilidade no manuseio, o clorofórmio passou a ser muito mais usado do que as técnicas hipnóticas e tudo isso vem contribuir para um adormecimento da hipnose.
A primeira guerra mundial fez voltar, por um pequeno período, a hipnose ao arsenal terapêutico quando de choques e neuroses de guerra. A segunda guerra mundial fez reavivar o interesse pelo hipnotismo, pois a falta de medicamentos no campo de batalha fez com que os médicos usassem a hipnose, principalmente, em cirurgias.
Apesar dessas décadas de declínio, a hipnose científica permaneceu viva e cada vez mais presente na área da saúde.
Em agosto de 1889, foi realizado em Paris o I Congresso Internacional de Hipnotismo Experimental e Terapêutico com a representação de 223 estudiosos de 23 países. O Brasil teve a honra de levar dois profissionais de saúde: Doutor Joaquim Correia de Figueiredo e Doutor Ramos Siqueira, ambos médicos do estado do Rio de Janeiro.
​Após este período, mais de 100 anos se passaram, e os entusiastas da hipnose, sejam eles profissionais da saúde mental, médicos, cientistas, psicólogos etc.. foram  aperfeiçoando e desenvolvendo os métodos de indução ao transe,  técnicas terapêuticas e entendimentos psicodinâmicos oriundas das abordagens psicológicas para serem usadas sob  hipnose, a compreensão e o alcance dos efeitos e benefícios foram sendo verificados e constatados na prática, e  hoje em dia o estado hipnótico é cientificamente comprovado, através de aparelhos de eletroencefalograma, pet scan, tomografia computadorizada e  ressonância magnética. No Brasil, a hipnose passou a ser legalmente utilizada, primeiramente, pelos cirurgiões-dentistas através da lei 5081 de 1966 e depois outras áreas da saúde conseguiram e estão conseguindo essa autorização por meio de seus conselhos,
sendo aceito pelo de medicina (CFM desde 1999), psicologia (CFP desde 2000) e fisioterapia (COFFITO desde 2010).